北原伊织来到伊豆开启大学生活已有数月 —— 　　他寄居在潜水店「碧蓝之海」，和可爱的表妹古手川千纱同住一个屋檐下。表姐古手川奈奈华、成熟风情十足的滨冈梓，还有同班同学吉原爱菜也常聚在此处，本该度过一帆风顺、青春美好的校园日…

故事发生在遥远的未来，彼时，大陆板块的活动令海水渐渐淹没了日本的大部分国土，人们不得不在海上建造起新的都市。随着时间的推移，海上都市的规模越来越大，航路越来越复杂，为了维持秩序，一种人们称之为“蓝色人鱼”的新型职业渐渐被…